سریال ناتیلوس داستان پیش‌زمینه کاپیتان نمو را روایت می‌کند. نمو، که شاهزاده‌ای هندی است و به‌دست کمپانی هند شرقی از همه چیز محروم شده، با شورشی علیه این امپراتوری به دنبال انتقام و آزادی است. او پس از فرار از زندان، کنترل زیردریایی پیشرفته‌اش به نام ناتیلوس را در دست می‌گیرد و با گروهی از خدمه وفادار در سفرهایی پرماجرا و خطرناک به اعماق اقیانوس‌ها می‌رود.