سریال آب سیاه داستانی در آینده نزدیک، سال 2027، در جزایر آندامان و نیکوبار را روایت می‌کند که در آن یک بیماری مرگبار شیوع پیدا کرده و جان حدود نیم میلیون نفر را تهدید می‌کند. فرمانده محلی، دریادار زبران قدری، تلاش می‌کند جلوی گسترش این بیماری را بگیرد و راهی برای مقابله با آن پیدا کند. در عین حال، دکتر ریتو گاگرا، یک دانشمند، در تلاش است تا درمانی برای این بیماری کشف کند و در این مسیر با چالش‌های زیادی از جمله کمبود امکانات و تعداد زیاد بیماران مواجه می‌شود.